Remont przeprowadzono w latach 1915-1916 dzięki staraniom Lajbla Lichtenberga, burmistrza Włodawy, mianowanego na to stanowisko przez okupujących miasto Niemców. Jego dokonania upamiętnia jedna z inskrypcji wewnątrz budynku (na ścianie południowej). Zapisana w niej data śmierci Lichtenberga - rok 1931-pozwala przypuszczać, że zachowany w sali męskiej wystrój malarski, pochodzi z lat 30-tych naszego stulecia. Składają się nań przedstawienia instrumentów i zwierząt oraz fryz ze znakami zodiaku obiegający w części szczytowej ściany: południową, wschodnią i północną. Odnaleźć tam można również teksty modlitw i psalmów w formie tablic oraz wspomnianą wcześniej inskrypcję fundacyjną. Z wyposażenia sali męskiej zachowały się jedynie drewniane obramowania wykonanych szafek ścian: południowej i północnej oraz drewniana oprawa świętej szafy (aron ha-kodesz) w ścianie wschodniej.

    Stan zachowania zarówno wystroju malarskiego, jak i wyposażenia sali męskiej nie jest najlepszy. Wynika to z faktu, że stary Bet ha-midrasz po 1939 roku zamieniony został przez okupantów hitlerowskich na magazyny wojskowe. Wówczas to zniszczeniu uległo niemal całe jego wyposażenie. Rozebrano m.in. bimę. Po wyzwoleniu budynek pełnił funkcję sali kinowej, a później przez szereg lat był magazynem Gminnej Spółdzielni. Od 1983 roku stary Bet-ha midrasz przejęło Muzeum Pojezierza Łęczyńsko-Włodawskiego. Budynek poddano kompleksowemu remontowi, starając się przywrócić mu pierwotny wygląd. Nie wszystko udało się odrestaurować, zwłaszcza wnętrze budynku. Remont wielokrotnie przerywany ze względu na brak środków finansowych, trwał do końca 1998 roku. Dla zwiedzających budynek udostępniono jesienią roku następnego.

Dom Pokahalny czyli nowy Bet ha-midrasz, najmłodszy budynek z całego zespołu, wybudowany został w 1928 roku. W trakcie prac remontowych zostało przebudowane jego wnętrze. Obecnie mieści się w nim administracja, pracownie naukowe muzeum oraz sala wystaw czasowych.

   Specyfika obiektów, które są siedzibą naszego muzeum powoduje, że w centrum naszych muzealnych zainteresowań naukowych i wystawienniczych jest kultura żydowska i ta sprzed wieków i jak najbardziej współczesna. Uwagę skupiamy również na innej tematyce związanej m.in. z etnografią regionu czy kulturami egzotycznymi, co znajduje swój wyraz w wystawach czasowych (eksponowanych w starym Bet-ha midrasz i Małej Synagodze tzw. nowej. W Wielkiej Synagodze, starając się zachować atmosferę tego miejsca, prezentujemy wyłącznie wystawy związane tematycznie z kulturą żydowską.

    Muzeum posiada również oddział zamiejscowy na terenie po Byłym Hitlerowskim Obozie Zagłady Żydów w Sobiborze, który został otwarty 14 października 1993 roku w 50-tą rocznicę powstania i ucieczki więźniów tego obozu. Stałą wystawę dotycząca historii tego miejsca zorganizowano w budynku przejętym od władz samorządowych. Placówka ta czynna jest okresowo od 4 maja do 14 października codziennie łącznie z sobotami i niedzielami.

    Zgodnie ze statutem, muzeum posiada cztery działy: etnograficzny, historyczny, edukacyjno-promocyjny oraz administracyjny. W chwili obecnej zatrudnionych jest ogółem 7 osób w tym 4 pracowników merytorycznych.