Wnętrze sali modlitw zwieńczone jest dziewięciopolowym sklepieniem kolebkowo-krzyżowym, wspartym na czterech stylizowanych jońskich kolumnach, między którymi stała niegdyś bima.(podwyższenie z pulpitem do czytania Tory). Jedynym zachowanym wyposażeniem sali modlitw jest neobarokowy aron ha-kodesz (szafa ołtarzowa) z 1936 r. wykonany w stiuku i polichromowany. Pierwotnie drewniane wyposażenie spłonęło, bowiem podczas pożaru w czasie I wojny światowej. Gruntownie odrestaurowane po 1920r., kiedy to została wykonana na nowo cała wewnętrzna stolarka. Część ołtarza flankowana dwoma pilastrami przyściennymi, której dekoracje stanowią pięcioramienne świeczniki i wić roślinna. W środku szafa na Torę, żelazną kratą zamykająca pomieszczenia na rodały. W szczycie nad nią dwa gryfy w roli cheburów adorujące symboliczne tablice przymierza w formie dwóch świetlików okiennych. Poniżej wizerunek menory, a nad nim tekst: „Skłonię się ku świętemu przybytkowi Twemu, w bojaźni przed Tobą (psalm 5,8). Dekoracyjne elementy aron ha-kodesz korespondują z treściami płaskorzeźb w medalionach na sklepieniach. Przedstawiają one popularne w żydowskiej mistyce i sztuce zwierzęta o szerokiej symbolice religijnej.

   W okresie okupacji w latach 1939-1944 budynek pełnił rolę niemieckiego magazynu wojskowego. Zupełnemu zniszczeniu uległo wówczas całe wewnętrzne wyposażenie. Po wyzwoleniu użytkowany był również jako magazyn miejscowej spółdzielni. Dopiero w latach sześćdziesiątych miasto podjęło pierwsze prace konserwatorskie, przeznaczając budynek na potrzeby miejscowego muzeum.

Drugim budynkiem jest Mała Synagoga (hebr. Bet ha-midrasz) wybudowana w II połowie XVIII wieku. Informacje o jej istnieniu podają źródła pisane z lat 1782-1786. Od początku budynek pełnił dwie funkcje. Był domem modlitwy oraz miejscem studiów Tory i ksiąg talmudycznych. Stąd jego nazwa Bet ha-midrasz czyli dom studiów i nauki. O jego przeznaczeniu jednoznacznie świadczy skromny zewnętrzny wygląd, jak i prosty układ wnętrza. Nie miał być budynkiem reprezentacyjnym, rolę tę pełniła bowiem Wielka Synagoga. Wybudowanie obiektu (drugiego z kolei) świadczy o nowych potrzebach coraz liczniejszej gminy żydowskiej. Styl, w którym wzniesiono stary Bet ha-midrasz włodawski, odpowiadał typowemu, skromnemu i powszechnie wówczas realizowanemu schematowi budowy małomiasteczkowych bożnic. W myśl jego założeń przedsionek był usytuowany wzdłuż ściany zachodniej, a ponad nim umieszczono modlitewnię dla kobiet. Całość połączoną z salą męską przykrywano wspólnym dachem.

    Taki schemat przestrzenny wykrystalizował się na przełomie XVI i XVII stulecia powielany później w licznych bożnicach drewnianych i murowanych w XVII, XVIII i XIX wieku.

   Mała Synagoga jest budynkiem parterowym, wolnostojącym. Bryła budowli ma kształt prostopadłościanu. Wnętrze składa się z sali męskiej w części wschodniej oraz przedsionka i umieszczoną nad nim modlitewnią dla kobiet w części zachodniej. Sam budynek, jak i jego wnętrze, nie uległy większym zmianom od chwili powstania. Inny wygląd posiadały jedynie okna. Zmieniono je najprawdopodobniej podczas odbudowy domu studiów ze zniszczeń spowodowanych działaniami wojennymi na przełomie 1914/1915 roku.